Sus investigaciones se centraron en el análisis de los espectros moleculares, fundamentales para comprender la estructura y los niveles de energía de las moléculas. Junto con otros científicos desarrolló métodos para interpretar las transiciones entre estados electrónicos, vibracionales y rotacionales. Uno de sus aportes más conocidos es el método de Birge-Sponer, desarrollado con Raymond T. Birge, que permite estimar la energía de disociación de una molécula a partir de sus espectros vibracionales. Este procedimiento se convirtió en una herramienta de gran importancia para la química física y la física molecular, ya que facilitó el estudio de los enlaces químicos y de la estabilidad molecular mediante datos espectroscópicos.
Con el ascenso del régimen nazi, Hertha Sponer abandonó Alemania y continuó su carrera en Noruega y posteriormente en los Estados Unidos, donde fue profesora en la Universidad de Duke. Allí impulsó la investigación en espectroscopia y formó a numerosos estudiantes que continuaron desarrollando esta disciplina. Además de sus contribuciones científicas, destacó por abrir camino a las mujeres en la investigación universitaria en física. Su trabajo fortaleció la aplicación de la mecánica cuántica al estudio de moléculas y consolidó la espectroscopia como una herramienta indispensable para comprender la estructura de la materia. Hoy es reconocida como una de las pioneras de la física molecular del siglo XX.