Figura. El cráneo de Yi qi

El cráneo de Yi qi era pequeño, ligero y relativamente corto, con una órbita muy grande que dominaba buena parte de la región lateral. El hocico era estrecho y bajo, mientras la fenestra anteorbital permanecía bien desarrollada, conservando el patrón general de los pequeños terópodos maniraptores. Los huesos faciales eran delgados y contribuían a reducir la masa total de la cabeza, una ventaja importante para un animal pequeño asociado con locomoción aérea o planeo. La región posterior del cráneo alojaba un neurocráneo relativamente expandido.

La dentición estaba compuesta por dientes pequeños, simples y ligeramente recurvados, concentrados principalmente hacia la región anterior de las mandíbulas. No presentaba todavía la edentulia ni el pico queratinizado característicos de numerosos avialanos posteriores. La mandíbula inferior era delgada, con una fenestra mandibular externa visible, y estaba adaptada a una alimentación basada probablemente en pequeños organismos. La forma dental sugiere capacidad para capturar insectos y pequeños vertebrados, aunque la dieta exacta continúa siendo incierta debido a la escasez del registro fósil disponible.

Desde una perspectiva evolutiva, el cráneo de Yi qi resulta especialmente interesante porque acompaña un cuerpo que desarrolló una solución aerodinámica completamente distinta de la de las aves. Mientras conservaba mandíbulas dentadas y una arquitectura craneal maniraptora, sus extremidades anteriores sostenían una membrana alar mediante un elemento estiliforme. Esta combinación constituye un excelente ejemplo de evolución en mosaico: diferentes regiones corporales podían adquirir especializaciones muy derivadas mientras otras retenían caracteres ancestrales. Así, Yi qi demuestra que la experimentación con el vuelo y el planeo dentro de Paraves no exigió inicialmente ni un pico ni la desaparición de la dentición.