Una de sus innovaciones más importantes fue la separación entre cráneo y cintura pectoral. En peces más basales, huesos como el cleitro y supracleitro conectaban la cintura escapular directamente con la región posterior del cráneo. En Tiktaalik, esta continuidad ósea desaparece, permitiendo que la cabeza pueda moverse con mayor independencia respecto del tronco: surge así un verdadero cuello funcional. La pérdida del gran opérculo óseo también libera espacio alrededor de esta región. El cuerpo conserva todavía una anatomía pisciforme, pero la cabeza deja de estar mecánicamente integrada a la cintura escapular como ocurre en la mayoría de los peces.
La aleta pectoral combina caracteres acuáticos y tetrapodomorfos. Internamente aparecen húmero, radio y ulna, además de elementos distales capaces de soportar parte del peso contra el sustrato, aunque externamente todavía conserva radios dérmicos de aleta y no posee dedos verdaderos. Esta combinación muestra que las transformaciones hacia las extremidades terrestres ocurrieron por etapas. Tiktaalik no fue un tetrápodo terrestre completo, sino un animal acuático especializado que reunía cuello móvil, cráneo aplanado, cintura escapular liberada y aletas robustas, anticipando características fundamentales de los primeros vertebrados con extremidades.
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