Las diferencias fundamentales aparecen cuando se estudia el esqueleto, particularmente el cráneo. Paleothyris conservaba una región temporal completamente cubierta por huesos dérmicos, sin las fenestras temporales características de muchos reptiles posteriores. Este patrón tradicionalmente denominado anápsido se aproxima a la condición ancestral de los primeros amniotas, aunque actualmente no se utiliza por sí solo para establecer parentescos. El cráneo conservaba numerosos elementos separados, una mandíbula compuesta por varios huesos y la articulación ancestral entre cuadrado y articular. La columela o estribo, derivada de la antigua hiomandíbula, participaba ya en la transmisión de vibraciones hacia el oído interno.
Otros caracteres decisivos apenas podrían reconocerse observando únicamente al animal vivo. Su pertenencia a Amniota implica una reproducción basada en membranas extraembrionarias, particularmente amnios, corion y alantoides, que disminuyeron la dependencia reproductiva de ambientes acuáticos. El aparato branquial ancestral había desaparecido como sistema respiratorio, mientras el aparato hioideo quedaba reorganizado para sostener lengua y región faríngea. Así, Paleothyris parece superficialmente una lagartija, pero su verdadero interés reside en conservar una arquitectura craneal temprana desde la cual pueden comprenderse posteriormente la fenestración diápsida y la diversificación de los reptiles.
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