A medida que progresa la ontogenia, los segmentos adquieren identidades diferentes mediante la acción de genes reguladores, especialmente los genes Hox. Algunos territorios embrionarios forman segmentos cefálicos, otros originan regiones torácicas o abdominales, y los esbozos de apéndices pueden diferenciarse posteriormente como antenas, mandíbulas, patas, piezas bucales o estructuras reproductivas. En ciertas larvas, estas diferencias todavía son discretas, por lo que la segmentación seriada resulta más evidente que en el adulto. Posteriormente, la tagmosis integra segmentos en unidades funcionales mayores, mientras algunos apéndices se especializan, reducen o desaparecen.
El valor de los estadios embrionarios y larvarios radica en que permiten estudiar cómo se construye progresivamente el bauplan artrópodo. Comparando especies distintas, los biólogos pueden identificar homologías, patrones conservados de desarrollo y modificaciones que explican la diversidad adulta. No obstante, debe evitarse la antigua idea de que la ontogenia recapitula exactamente la filogenia. Los embriones modernos también han evolucionado y poseen adaptaciones propias. Lo importante es que conservan temporalmente una organización menos diferenciada, donde resulta más sencillo reconocer la repetición de segmentos, la aparición de apéndices y la posterior especialización regional. Por ello, constituyen una herramienta fundamental para comprender cómo un mismo plan corporal puede generar artrópodos adultos extraordinariamente diferentes mediante cambios en desarrollo, expresión genética y morfología.
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