La región marcada como espiráculo muestra otra transformación importante. En los peces tetrapodomorfos, esta abertura corresponde a la primera hendidura faríngea, situada entre los arcos mandibular e hioideo. Desde Panderichthys hasta Tiktaalik y Ventastega, la región se ensancha mientras la hiomandíbula pierde progresivamente su función en la suspensión mandibular. En Acanthostega e Ichthyostega, el antiguo elemento hioideo queda cada vez más relacionado con la región ótica, anticipando su transformación en el estribo de los tetrápodos. Este proceso muestra cómo una estructura originalmente vinculada con ventilación y soporte mandibular fue cooptada posteriormente para funciones auditivas.
El cladograma inferior debe interpretarse como una representación de relaciones evolutivas, no como una secuencia directa de antepasados. Eusthenopteron, Panderichthys, Tiktaalik, Ventastega, Acanthostega e Ichthyostega representan distintas ramas que conservan combinaciones particulares de caracteres. A través de ellas puede reconocerse una tendencia hacia la reducción del opérculo, separación entre cráneo y cintura pectoral, aparición de un cuello funcional, consolidación del neurocráneo y transformación del aparato espiracular-ótico. La evolución del cráneo tetrápodo fue, por tanto, mosaica y gradual, con diferentes sistemas anatómicos cambiando a ritmos distintos.
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