En los peces teleósteos, los tres componentes permanecen relativamente fáciles de reconocer porque el cráneo conserva numerosos huesos independientes y una considerable movilidad craneal. El dermatocráneo forma gran parte de la cubierta externa, mientras el esplacnocráneo continúa muy desarrollado alrededor de las mandíbulas, aparato hioideo y branquias. En reptiles como el aligátor, la reducción del aparato branquial y la transformación de los arcos faríngeos producen un cráneo más compacto, aunque todavía es posible identificar importantes contribuciones del esplacnocráneo en la mandíbula y estructuras asociadas. El condrocráneo permanece principalmente integrado en la base y regiones profundas del cráneo.
En los mamíferos, esta reorganización alcanza niveles todavía mayores. En el perro, el dermatocráneo domina gran parte de la superficie craneal y facial, mientras componentes del esplacnocráneo han sido reducidos o reasignados funcionalmente. En el ser humano, la expansión del encéfalo produce una gran bóveda craneal, acompañada por una reducción relativa del hocico y aparato mandibular. Elementos derivados del esplacnocráneo ancestral participan ahora en los huesecillos del oído medio, hioides y laringe. Así, la comparación revela que la evolución craneal vertebrada consiste fundamentalmente en remodelar módulos antiguos, conservando su historia dentro de configuraciones anatómicas muy diferentes.
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