Las cavidades asociadas, en cambio, son los espacios anatómicos donde se alojan los órganos o estructuras sensoriales, y no deben confundirse con las cápsulas que los sostienen. Así, la cavidad nasal contiene el epitelio olfatorio y conductos respiratorios; la órbita aloja el globo ocular y sus tejidos asociados; y la cavidad del oído interno contiene estructuras vestibulares y auditivas. La cápsula corresponde, por tanto, al armazón esquelético que rodea o delimita una región sensorial, mientras que la cavidad es el espacio funcional ocupado por tejidos blandos. Ambas estructuras se desarrollan coordinadamente, pero no son equivalentes ni tienen exactamente el mismo origen.
A medida que avanza el desarrollo, las trabéculas, los paracordales, los cartílagos occipitales y las cápsulas sensoriales crecen y se fusionan, formando las regiones etmoidal, basal y occipital del condrocráneo. Posteriormente, en muchos vertebrados, parte de este cartílago es reemplazado por hueso y origina componentes como etmoides, esfenoides y occipitales. Las cápsulas sensoriales quedan así integradas en la arquitectura definitiva del cráneo, pero conservan su relación topográfica con los órganos sensoriales que originalmente rodeaban. En consecuencia, el condrocráneo debe entenderse como una plataforma embrionaria de soporte, protección e integración sensorial, no simplemente como una caja cerrada alrededor del encéfalo.
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