El cuerpo adulto está recubierto por una túnica, una envoltura extracelular que funciona como un tipo de exoesqueleto protector y de soporte. Esta cubierta contiene tunicina, un polisacárido semejante a la celulosa, característica poco común entre los animales. El agua entra por el sifón incurrente, atraviesa una gran faringe ciliada perforada por numerosas hendiduras faríngeas y posteriormente sale por el sifón excurrente. El endostilo produce una capa de moco que atrapa partículas suspendidas; los cilios desplazan ese material hacia el tracto digestivo, donde pasa al estómago y al intestino. El ano desemboca cerca del sifón excurrente, permitiendo que los residuos sean transportados al exterior junto con la corriente de agua.
Esta organización muestra cómo la evolución puede conservar un plan corporal embrionario mientras modifica radicalmente el fenotipo adulto. En los tunicados, la presencia larvaria de notocorda y cordón nervioso dorsal revela su parentesco con otros cordados, aunque el adulto ya no dependa de estas estructuras para desplazarse. En su lugar, la túnica, los sifones, la faringe perforada y el sistema filtrador dominan su anatomía funcional. Por ello, los tunicados constituyen un ejemplo especialmente claro de metamorfosis, homología evolutiva y especialización funcional dentro del linaje de los cordados.
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