En sistemática filogenética, el significado debe ser mucho más preciso. El grupo corona de los anfibios actuales corresponde generalmente a Lissamphibia: el ancestro común más reciente de anuros, caudados y gimnofiones, junto con todos sus descendientes. Esta definición excluye a muchos tetrápodos paleozoicos tradicionalmente llamados anfibios, aunque algunos probablemente se encuentren cerca del linaje del cual surgieron los lisanfibios. La posición de grupos como temnospóndilos, lepospóndilos y otras formas fósiles sigue siendo discutida, de manera que la composición de un Amphibia más amplio depende de la definición filogenética adoptada. Por esa razón, el cladograma debe entenderse como una hipótesis de parentesco, susceptible de cambiar con nuevos fósiles y análisis, y no como una escalera evolutiva que conduzca directamente desde Ichthyostega hasta una rana.
Los anfibios supervivientes que mejor corresponden a la imagen tradicional de animales de doble vida son precisamente los lisanfibios modernos: ranas y sapos, salamandras y cecilias. No obstante, estos organismos representan solamente una pequeña rama superviviente de una antigua diversidad tetrápoda mucho mayor. Tampoco deben utilizarse como modelos vivientes directos de Ichthyostega o de los grandes tetrápodos paleozoicos, pues presentan cráneos simplificados, pérdida o fusión de numerosos huesos, aparatos hioideos especializados, ciclos reproductivos particulares y anatomías altamente derivadas. Conviene distinguir, por tanto, entre anfibio ecológico sensu lato, Amphibia definido filogenéticamente y Lissamphibia, el grupo corona que reúne a los anfibios actuales.
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