En especies que permanecen cerca del fondo, como numerosas rayas y algunos tiburones bentónicos, el espiráculo puede participar activamente en la ventilación branquial. El agua entra por esta abertura y pasa hacia la faringe, desde donde circula sobre las lamelas branquiales antes de salir por las hendiduras externas. Este mecanismo resulta particularmente útil cuando la boca está ocupada alimentándose o cuando el animal permanece parcialmente enterrado, porque evita aspirar directamente sedimento. En otros tiburones, especialmente formas pelágicas con ventilación asociada al desplazamiento, el espiráculo puede ser muy pequeño o desaparecer, mostrando que su tamaño depende estrechamente de la ecología y respiración.
Su posición resulta además muy importante desde la anatomía comparada. La región situada entre el arco mandibular y el hioideo experimentó una profunda transformación durante la evolución de los tetrápodos. Componentes relacionados con esta primera hendidura faríngea participaron posteriormente en la organización del oído medio, mientras la hiomandíbula fue cooptada hasta convertirse en la columela o estribo. Así, una abertura asociada originalmente con el flujo respiratorio terminó formando parte de una región especializada en transmisión sonora, mostrando cómo la evolución reutiliza estructuras mediante reducción, desplazamiento y cooptación funcional.
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