El esplancnocráneo también se encuentra profundamente reorganizado. La antigua hiomandíbula está representada por la columela o estribo, elemento del oído medio que transmite vibraciones hacia el oído interno, aunque las cecilias carecen generalmente de un tímpano externo semejante al de muchas ranas. La captación de vibraciones puede involucrar tanto el cráneo como la mandíbula y los tejidos corporales. El aparato hioideo, derivado en parte del segundo arco faríngeo, sostiene el piso de la boca y participa en movimientos relacionados con alimentación, deglución y ventilación. En un animal excavador, estas estructuras funcionan dentro de una cabeza mecánicamente integrada y poco móvil comparada con la de salamandras o anuros.
Durante el desarrollo, el aparato hiobranquial revela todavía con claridad su origen evolutivo. En especies con larvas acuáticas, los arcos posteriores sostienen estructuras branquiales y participan en la respiración y ventilación faríngea. Durante la metamorfosis, las branquias desaparecen y los elementos cartilaginosos se reducen, fusionan o reorganizan para constituir principalmente el aparato hioideo adulto. Sin embargo, las cecilias muestran gran diversidad reproductiva: algunas poseen larvas acuáticas, mientras otras presentan desarrollo directo o viviparidad. Por ello, su cráneo aparentemente “ancestral” es, en realidad, una combinación de retenciones profundas y especializaciones fosoriales extremas.
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