Figura. Ventilación en unicelulares parásitos.

Muchos parásitos viven en ambientes internos donde el oxígeno es escaso, como el intestino, heridas profundas, tejidos mal irrigados o cavidades con poca ventilación. Por eso, numerosas bacterias, algunos hongos y varios protistas parásitos han desarrollado metabolismos anaeróbicos o tolerantes a bajas concentraciones de oxígeno. En estos organismos, el intercambio gaseoso no sigue el modelo animal clásico de captar O₂ y eliminar CO₂ mediante pulmones o branquias. Más bien, sus células intercambian gases y moléculas pequeñas por difusión directa a través de la membrana, mientras obtienen energía mediante fermentación u otras rutas que no dependen de la respiración aeróbica completa.

Un ejemplo importante es Entamoeba histolytica, protista parásito causante de amebiasis. Vive principalmente en el intestino grueso, un ambiente pobre en oxígeno y rico en materia orgánica. A diferencia de las células animales, no depende de mitocondrias típicas para producir energía con oxígeno; su metabolismo está adaptado a condiciones anaerobias. Por eso, el oxígeno puede ser más una presión ambiental que un nutriente central. Esta ameba se transmite por ingestión de quistes presentes en agua o alimentos contaminados con materia fecal. En el intestino, puede causar diarrea, dolor abdominal, sangre en heces y, en casos graves, invadir tejidos o llegar al hígado.

Si se sospecha que el agua está contaminada, la prevención debe centrarse en cortar la transmisión fecal-oral. Lo más seguro es hervir el agua antes de beberla, especialmente en zonas rurales, viajes o emergencias. También se recomienda usar filtros confiables, lavar frutas y verduras con agua segura, evitar hielo de origen dudoso, lavarse las manos después de ir al baño y antes de comer, y mantener separados alimentos crudos y preparados. En estos parásitos, controlar el agua es tan importante como tratar al paciente, porque el ciclo continúa mientras los quistes regresen al ambiente.