Al pasar al intestino delgado, la mucosa cambia de forma drástica porque su función principal ya no es solo proteger o digerir químicamente, sino absorber nutrientes. En el duodeno aparecen pliegues circulares, vellosidades intestinales, criptas intestinales y glándulas de Brunner, que producen secreciones alcalinas para neutralizar el quimo ácido procedente del estómago. En el yeyuno, las vellosidades son muy desarrolladas, aumentando enormemente la superficie de absorción. Allí se absorben sobre todo monosacáridos, aminoácidos, lípidos, vitaminas y minerales.
En el íleon, las vellosidades siguen presentes, pero se observan abundantes nódulos linfáticos, como las placas de Peyer, que participan en la defensa inmunológica frente a microorganismos del lumen intestinal. Finalmente, en el colon o intestino grueso, desaparecen las vellosidades, pero permanecen las glándulas intestinales o criptas. Esto indica que el colon no está especializado en absorción masiva de nutrientes como el intestino delgado, sino en absorber agua, recuperar sales, producir moco y formar las heces.
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