Después de la fijación, ocurre la amonificación, proceso en el que los descomponedores, como bacterias y hongos, degradan restos de plantas, animales muertos, excrementos y materia orgánica. Durante esta descomposición, el nitrógeno orgánico de proteínas, ácidos nucleicos y otros compuestos se transforma nuevamente en amonio. Luego intervienen las bacterias nitrificantes, que convierten el amonio primero en nitrito NO₂⁻ y después en nitrato NO₃⁻. El nitrato es una forma muy importante porque muchas plantas lo absorben fácilmente por sus raíces mediante asimilación, incorporándolo a aminoácidos, proteínas, clorofila y material genético.
El ciclo continúa cuando los animales obtienen nitrógeno al alimentarse de plantas o de otros animales. Cuando esos organismos excretan desechos o mueren, el nitrógeno vuelve al suelo y puede reiniciar el proceso. Finalmente, las bacterias desnitrificantes transforman nitratos en nitrógeno gaseoso N₂, devolviéndolo a la atmósfera. Así se cierra el ciclo. Este proceso es esencial para la fertilidad del suelo, la producción de alimentos y el equilibrio de los ecosistemas, porque sin nitrógeno disponible no podrían formarse proteínas, enzimas, ADN ni tejidos vivos.
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