Sus enfermedades más frecuentes se relacionan con la obstrucción. Los cálculos biliares pueden quedar en la vesícula y causar colecistitis, o desplazarse al colédoco y producir coledocolitiasis. Cuando la bilis no puede circular, aparecen dolor abdominal, ictericia, orina oscura y heces pálidas. Si además las bacterias ascienden por los conductos, puede desarrollarse colangitis, una infección potencialmente grave. También existen anormalidades estructurales, como estrechamientos o estenosis, quistes del colédoco, atresia biliar en recién nacidos y variaciones anatómicas de los conductos, importantes durante cirugías o procedimientos endoscópicos.
La relación con el páncreas hace que una obstrucción biliar no sea solo un problema hepático. Si un cálculo bloquea la región donde desembocan el colédoco y el conducto pancreático, las enzimas pancreáticas pueden quedar retenidas y desencadenar pancreatitis aguda, con inflamación intensa del páncreas. También pueden aparecer disfunciones del esfínter de Oddi, tumores de la vía biliar, cáncer de páncreas o lesiones inflamatorias que comprimen los conductos. Por eso, este árbol debe entenderse como una unidad anatómica: una alteración pequeña en un conducto puede afectar simultáneamente la digestión de grasas, el drenaje de bilis y la secreción pancreática.
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