Existen además diferencias entre machos y hembras, aunque gran parte del dimorfismo craneal se relaciona con el tamaño corporal. Un estudio reciente en caballos kirguises encontró que los machos presentaban medidas craneales mayores, pero al corregir estadísticamente el tamaño desaparecían muchas diferencias de forma. La señal sexual más evidente suele encontrarse en la dentición canina: los machos adultos poseen con mucha mayor frecuencia caninos desarrollados entre incisivos y premolares, mientras las yeguas generalmente carecen de ellos o presentan caninos pequeños y vestigiales. Por ello, la presencia de caninos puede ayudar a estimar el sexo, aunque no constituye un criterio absolutamente seguro. ScienceDirect
El cráneo equino también muestra cuánto puede modificarse un mismo patrón de Perissodactyla según la ecología. El alargamiento facial proporciona espacio para grandes hileras de dientes posteriores; las crestas y superficies óseas sostienen una poderosa musculatura masticatoria, mientras las órbitas situadas lateralmente proporcionan un extenso campo visual, útil en un herbívoro cursorial. Así, dentición hipsodonta, diastema, rostro alargado y mandíbula robusta forman un sistema integrado para procesar pastos abrasivos durante muchas horas cada día.
Estudio sobre dimorfismo sexual del cráneo equino · Ontogenia craneal comparada de Perissodactyla

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