La mandíbula inferior era larga y relativamente baja, con un extremo anterior modificado para sostener el pico. Las filas dentales se disponían hacia la zona posterior, mientras las fenestras craneales y las órbitas contribuían a mantener una cabeza liviana. Los dientes podían participar en un procesamiento oral limitado mediante corte y trituración superficial, pero el cráneo no estaba construido para producir una mordida extremadamente poderosa. Su aparato alimentario parece haber funcionado en conjunto con un cuello largo y un sistema digestivo voluminoso, permitiendo recolectar grandes cantidades de vegetación y procesarla posteriormente.
Desde una perspectiva evolutiva, el cráneo de Erlikosaurus representa una de las transformaciones más llamativas dentro de Theropoda. Conservaba la arquitectura general de un cráneo terópodo, pero combinada con reducción dental anterior, pico córneo, dientes herbívoros y musculatura mandibular moderada. Estudios endocraneales también indican sistemas sensoriales bien desarrollados, especialmente relacionados con olfacción, audición y equilibrio. Esta combinación demuestra que la transición hacia la herbivoría no implicó una simplificación general del cráneo, sino una profunda reorganización funcional orientada a nuevas estrategias de alimentación.
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