El segundo nivel corresponde al esqueleto axial postcraneal, formado principalmente por la columna vertebral, costillas y esternón. Su función es mantener el eje longitudinal del cuerpo, sostener la postura y proteger estructuras como la médula espinal, el corazón y los pulmones. Las vértebras se especializan regionalmente en sectores cervicales, torácicos, lumbares, sacros y caudales, aunque su número y forma cambian entre los distintos vertebrados. Las costillas y elementos torácicos también muestran grandes variaciones evolutivas relacionadas con locomoción, ventilación y protección visceral.
El tercer nivel es el esqueleto apendicular, compuesto por las cinturas pectoral y pélvica y los apéndices pares asociados. En los peces sostiene las aletas pares, mientras que en los tetrápodos forma las extremidades anteriores y posteriores. Estas estructuras transmiten fuerzas entre los apéndices y el eje corporal, permitiendo caminar, correr, nadar, excavar o volar. La comparación entre húmero, radio, cúbito, fémur y otros elementos revela importantes homologías evolutivas. Esta división en cráneo, eje y extremidades facilita seguir cómo un mismo plan esquelético ancestral fue modificado para producir la extraordinaria diversidad locomotora y funcional de los vertebrados actuales.
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