Figura. El cráneo de Tupuxuara

El cráneo de Tupuxuara presenta una arquitectura altamente derivada dentro de los pterosaurios azdarcoideos, con un rostro largo, estrecho y completamente edentado. La estructura más llamativa es la enorme cresta craneal, desarrollada sobre la región dorsal y posterior del cráneo. Esta expansión ósea modificaba profundamente el perfil cefálico sin convertir la cabeza en una estructura excesivamente pesada, gracias a la presencia de paredes relativamente delgadas y amplias fenestras que reducían masa.

La abertura más evidente corresponde a una gran fenestra nasoanteorbital, resultado de la integración evolutiva entre la narina externa y la ancestral fenestra anteorbital. Su tamaño ocupa una proporción considerable del rostro y constituye uno de los rasgos característicos de los pterosaurios monofenestrados. La órbita se sitúa muy posteriormente, próxima a la región temporal, mientras que las barras óseas que delimitan estas aberturas mantienen la resistencia estructural del cráneo. La ausencia de dientes indica que las mandíbulas probablemente estaban recubiertas por una ranfoteca queratinizada.

La gran cresta craneal probablemente tuvo funciones relacionadas con comunicación visual, reconocimiento intraespecífico y selección sexual, aunque no puede asignarse con certeza a una sola función. Su desarrollo además variaba con la ontogenia, aumentando proporcionalmente conforme el individuo maduraba. Esta combinación de rostro elongado, edentulia, fenestra nasoanteorbital extensa y cresta prominente diferencia claramente a Tupuxuara de pterosaurios más basales y dentados. El cráneo refleja así una etapa avanzada de especialización dentro de Pterosauria, donde la reducción de masa, la modificación del aparato alimentario y la exhibición visual evolucionaron de manera integrada.