Figura. El cráneo de Pisanosaurus mertii

El cráneo de Pisanosaurus mertii muestra una morfología ligera y relativamente baja, compatible con la condición de un dinosauriforme temprano próximo al origen de Ornithischia. Presenta una narina externa anterior, una amplia órbita y grandes aberturas temporales posteriores, mientras la región anteorbital conserva una abertura bien definida. La mandíbula es esbelta y porta numerosos dientes pequeños y comprimidos, rasgo coherente con un aparato alimentario adaptado al procesamiento inicial de material vegetal más que a la depredación activa.

La dentición resulta especialmente relevante para interpretar su posición evolutiva. Los dientes son relativamente pequeños, numerosos y de coronas simples, sin las complejas baterías dentales que aparecerían posteriormente en ornitisquios derivados. La mandíbula tampoco muestra todavía las especializaciones extremas observadas en ceratopsios o hadrosáuridos. Esta combinación de cráneo arcosauriano generalizado con modificaciones dentales asociadas a la herbivoría ayuda a explicar por qué Pisanosaurus ha sido considerado durante mucho tiempo un posible representante muy temprano de Ornithischia.

Sin embargo, debe recordarse que el fósil real de Pisanosaurus mertii es fragmentario, por lo que cualquier reconstrucción completa del cráneo incluye una proporción importante de inferencia anatómica. Algunas regiones representadas en modelos gráficos se reconstruyen por comparación con dinosauriformes y ornitisquios tempranos relacionados. Por ello, su valor no reside en mostrar con absoluta certeza cada hueso del cráneo, sino en ilustrar una posible condición cercana a la base del linaje: cabeza pequeña, fenestración todavía evidente, dentición simple y mandíbula poco especializada. Estas características permiten visualizar una etapa anterior a la gran diversificación craneal de los ornitisquios jurásicos y cretácicos.