Después, el bolo desciende por el esófago, un tubo muscular que lo transporta mediante peristaltismo hasta el estómago. Allí el alimento se mezcla con jugo gástrico, ácido clorhídrico, moco protector y enzimas como la pepsina, iniciando con mayor fuerza la digestión de proteínas. El estómago transforma el bolo en quimo, una mezcla semilíquida que pasa gradualmente al duodeno. En esta primera parte del intestino delgado se incorporan la bilis, producida por el hígado y almacenada en la vesícula biliar, y el jugo pancreático, rico en bicarbonato y enzimas digestivas.
El intestino delgado continúa con el yeyuno y el íleon, regiones especializadas en la absorción gracias a pliegues, vellosidades y microvellosidades que aumentan la superficie interna. Los nutrientes absorbidos pasan a la sangre o a la linfa y luego son distribuidos por el organismo. El contenido restante llega al intestino grueso, formado por ciego, colon, recto y canal anal. Allí se absorben agua y sales, actúa la microbiota intestinal, se forman las heces y finalmente los residuos son expulsados por el ano mediante la defecación.
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