Sobre los filamentos se disponen pequeñas láminas llamadas lamelas, donde ocurre la mayor parte de la difusión gaseosa. Allí la pared epitelial es extremadamente fina y se encuentra rodeada por capilares sanguíneos. La sangre pobre en oxígeno llega a las lamelas y circula por sus vasos mientras el agua fluye por el exterior. Como la concentración de O₂ es mayor en el agua que en la sangre venosa, el oxígeno atraviesa la superficie húmeda y entra al sistema circulatorio. Al mismo tiempo, el dióxido de carbono puede salir desde la sangre hacia el agua.
La eficiencia del sistema depende del intercambio a contracorriente. En este mecanismo, el agua y la sangre se mueven en direcciones opuestas, de modo que la sangre siempre encuentra agua con una concentración de oxígeno ligeramente mayor que la suya. Por eso el gradiente de difusión se mantiene a lo largo de toda la lamela y no se agota al comienzo del recorrido. Así, la sangre aumenta progresivamente su contenido de oxígeno, mientras el agua lo pierde. Este diseño permite a los peces captar una gran proporción del oxígeno acuático, siempre que las branquias permanezcan húmedas, desplegadas y ventiladas por una corriente constante.
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