En peces sin mandíbula como Pteraspis, la región cefálica muestra una organización distinta a la de los vertebrados con mandíbulas. La zona oral no presenta estructuras de mordida activa, sino un conjunto de cartílagos orales y elementos premandibulares que delimitan una abertura relativamente rígida. Detrás de esta región se desarrolla el sistema branquial, que no está especializado para capturar presas mediante cierre mecánico, sino para filtración y conducción de agua. La notocorda y los arcos neurales se extienden dorsalmente, mientras que ventralmente domina un aparato faríngeo que organiza el flujo hídrico más que la manipulación del alimento.
El rasgo más llamativo es la presencia de una estructura branquial en forma de “cesta” (branchial basket), una red rígida de soportes que recuerda claramente a la organización presente en cefalocordados y también, en forma modificada, en tunicados. En estos grupos, la función principal es filtrar partículas del agua, y en los agnatos fósiles como Pteraspis esta arquitectura se conserva como un sistema relativamente poco articulado. Sin embargo, a diferencia de los cordados más basales, en estos peces comienzan a aparecer elementos bucales con cierta movilidad, lo que sugiere una transición funcional: no hay todavía mandíbulas verdaderas, pero sí una región anterior que empieza a diferenciarse del aparato branquial puramente filtrador.
En linajes posteriores de vertebrados, esta compleja red branquial tiende a simplificarse y reorganizarse. Los numerosos elementos rígidos se reducen y comienzan a disponerse en estructuras más compactas y parcialmente articuladas, lo que permite dos innovaciones clave: una ventilación más eficiente del agua hacia las branquias y la aparición de mecanismos para la captura activa de alimento. Este proceso evolutivo culmina en la formación de las mandíbulas, donde algunos de estos arcos anteriores se transforman en palancas móviles. Así, la región mandibular de los peces sin mandíbula no es un sistema primitivo sin organización, sino una etapa intermedia que conserva la herencia filtradora de los cordados y anticipa las funciones mecánicas de los vertebrados con mandíbula.
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