Uno de sus aportes más influyentes fue el estudio detallado de fósiles como Acanthostega e Ichthyostega, que mostraron que los primeros tetrápodos tenían extremidades con dedos, pero aún conservaban características acuáticas. Clack demostró que estos animales no eran plenamente terrestres, como se pensaba, sino formas intermedias adaptadas a ambientes acuáticos someros. Este hallazgo transformó la comprensión de la evolución de las extremidades y cuestionó la idea tradicional de una transición directa del agua a la tierra firme. Su libro Gaining Ground se convirtió en una obra de referencia sobre este proceso evolutivo.
A lo largo de su carrera, Clack recibió numerosos reconocimientos, incluyendo su elección como miembro de la Royal Society. Su trabajo no solo aportó datos fósiles cruciales, sino que también integró anatomía comparada, desarrollo y contexto ecológico, ofreciendo una visión más completa de la evolución vertebrada. Además, fue una figura influyente en la formación de nuevas generaciones de científicos, destacando por su rigor y claridad conceptual. Su legado perdura en la forma en que hoy entendemos uno de los eventos más importantes de la historia de la vida: la conquista del medio terrestre por los vertebrados.