La imagen muestra la estructura completa del Fotosistema II, un complejo proteico fundamental en la fotosíntesis, incrustado en la membrana del tilacoide. Se puede observar una clara distinción entre el estroma (la región "arriba") y el lumen del tilacoide (la región "abajo"). La porción superior, conocida como la región de la antena (LHCII y antenas internas), es la encargada de capturar la energía lumínica, actuando como un embudo que canaliza la luz hacia el centro de reacción. En contraste, el dominio que lleva a cabo la crucial degradación del agua y la síntesis de oxígeno molecular (O₂), denominado Complejo Liberador de Oxígeno (Oxygen-evolving complex) con su clúster Mn-Ca, se localiza en la parte inferior, hacia el lumen. En el corazón del Fotosistema II, entre ambas regiones, se ubica una compleja serie de aceptores y donantes de electrones.
El proceso de flujo de electrones comienza precisamente en el centro de reacción (P680 dimer), un punto neurálgico que realiza una doble función al ser activado por la energía lumínica (representada por el "FLASH"). Por un lado, tras la absorción de luz, el centro de reacción empuja un electrón de alta energía hacia la parte superior del fotosistema, iniciándose así la cadena de transporte de electrones. Simultáneamente, para compensar la pérdida de este electrón y mantener la estabilidad, el centro de reacción genera un potente efecto de atracción hacia electrones que provienen de la parte inferior del fotosistema, específicamente del agua. Este suministro de electrones es vital y se logra mediante la escisión de dos moléculas de agua (2 H₂O), un proceso que libera los electrones necesarios, además de protones (H⁺) al lumen y oxígeno gaseoso como subproducto.
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